“WCKD（ウィケッド）”に捕らわれたミンホを助けるため、彼が乗った列車をトーマスと仲間たちが急襲。
戦闘機も駆使して列車の一両を切り離すものの、その中にミンホの姿はなかった。
「ラスト・シティ」と呼ばれる隔離地域に運ばれたミンホは、WCKDの研究室で実験対象となっていた。
強力なウィルスである「フレア」の感染者が急増し、抗体の開発が急務となっており、WCKDで働くテレサも、 かつての仲間、ミンホを実験台にしようとしていた。
ミンホを奪還したいトーマスは、仲間の反対を押し切り、ニュートとフライパンを伴ってWCKDへ向かう。
都市の周囲は何重もの高い壁が築かれ、侵入は不可能。周囲にはレジスタンスの勢力が都市内に入ろうと 攻防を繰り広げており、その中に、かつて迷路で死んだと思われた仲間の姿もあった。
綿密な侵入計画を立て、壁を越えることに成功するトーマスたちだが、その先には巨大な敵と、 誰もが予期せぬ試練と戦いが待ち受けていたーー。

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