“ＫＡＩＪＵ”群と巨大兵器イェーガーの戦争から10年、世界は混沌としながらも、平和を取り戻そうとしていた。
ある日、PPDC（環太平洋防衛軍）の会議が開催されようとしているところに、正体不明のイェーガーが襲撃をかける。
それが新たなる戦争の始まりだった。
環太平洋防衛軍は正体不明のイェーガーや“ＫＡＩＪＵ”群との戦いの中で、人類が滅亡の危機にあることを知る。
滅亡のカギは富士山にあり、そこに襲撃をかけようとする“ＫＡＩＪＵ”群。
そして防衛線が張られた東京で最後の戦いが始まる！