防衛隊長官・四ノ宮功の判断により兵器化を免れるも、身柄を拘束されたままの日比野カフカ。
異動命令が下った第３部隊の新人たちがそれぞれの任務先へ向かうなか、彼の前に現れたのは、第１部隊を率いる防衛隊最強の男・鳴海弦だった。
隊員としてのカフカを必要としない鳴海に対し、自身の力を認めさせるため「怪獣８号」の強大すぎる力と向き合うことになるカフカ。
しかしその陰では、「怪獣９号」の脅威が迫っていた…。
継承される意志と力、新たな識別怪獣兵器（ナンバーズ）適合者の誕生、そして防衛隊を襲う史上最大の危機が訪れる――。