幼い頃に親とはぐれジャングルでオオカミに育てられた少年モーグリ。

ある日、人間への復讐心を持つトラのシア・カーンが現れたため、黒ヒョウのバギーラはモーグリを人間の世界へ帰す決心をする。

奥深いジャングルを旅する中、モーグリは大きなヘビのカーや人間になることを夢見る巨大類人猿のキング・ルーイ、そして陽気なクマのバルーらと出会う。

様々な動物たちと出会い自身の生き方を模索し始めていくモーグリ。

人間はジャングルの希望なのか、それとも脅威なのか？しかし、シア・カーンの魔の手は愛すべきジャングルの仲間たちへと迫っていた・・・。