ニューヨークを拠点に活動していたヴィラン（スーパーパワーをもった凶悪犯）「キングピン」ことフィスクが逮捕された。長年、自らの私生活を犠牲にスパイダーマンとしてヒーロー活動を続けてきたピーター・パーカーは、街が平和を取り戻したこの機会に、一人の青年として平凡な生活に戻ることを望む。
しかし平穏は長くは続かなかった。ニューヨーク市民から信頼されていた慈善活動家、マーティン・リーが、突如として「ミスター・ネガティブ」を
名乗り、ギャング集団「インナー・デーモン」を率いて街を襲い始めたのだ。ピーターは、愛する人々を守るために凶悪な敵に立ち向かうことを
決意する。しかし、敵はミスター・ネガティブだけではない。スパイダーマンに恨みを持つショッカー、エレクトロ、ライノ、バルチャー、スコーピオンら
数々のヴィランがピーターの前に立ち塞がる。果たしてピーターは強敵たちを退け、ニューヨークの街を守ることができるのか───。
本作のストーリーは、映画ともコミックスとも違う完全オリジナル。メリー・ジェーン（MJ）、メイおばさん、ノーマン・オズボーンといった、 ファンにはお馴染みのキャラクターも登場しますが、なかには既存の作品とは一味違った役割のキャラクターも。 過去の作品との繋がりは ないので、初めてスパイダーマンの世界に触れる人にも入り込みやすく、熱心なファンにとってはお馴染みのキャラクターが新たな設定で 登場する、意外性に満ちた別ユニバースとして楽しむことができます。
