「ペルソナ３（以下、P3）」と「ペルソナ４（以下、P4）」の主人公、どちらで物語を開始するかを選ぶことが可能で、選んだ主人公によって異なるイベントが展開されます。お馴染の「P3」と「P4」のキャラクターが勢揃いで登場し、それぞれが協力し合いながら物語はドラマチックに展開します。シリーズならではのダークで奥深いストーリーはさらに磨きがかかっている上に、ファンには堪らない「P3」と「P4」のキャラクター同士のイベントも充実しています。

勢揃いのペルソナ使いたちの中から、自分の好みのメンバーでパーティを組み、ラビリンスに挑むことができます。ペルソナ使いたちは個々に能力が異なるので、好みや状況に合わせた様々な組み合わせを楽しめます。さらに、特定のペルソナ使いの組み合わせで、バトル中に掛け合いのボイスが多数発生します。