スタンプカード 本を購入してスタンプ獲得 抽選で最大1,000ポイントプレゼント
現在地
トップ >  > 科学・技術 > 生物学

改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ ヒトから非モデル生物まで 公共データの活用も充実 (実験医学別冊)
坊農 秀雅

5,500(税込)送料無料

商品情報

  • 発売日:   2023年09月28日頃
  • 著者/編集:   坊農 秀雅(編)
  • レーベル:   実験医学別冊
  • 出版社:   羊土社
  • 発行形態:   単行本
  • ページ数:   302p
  • ISBN:   9784758122672

商品説明

内容紹介(出版社より)

RNA-Seqデータの解析法が"料理レシピのように"step-by-stepでわかる好評書の改訂第2版です.
Apple silicon搭載MacやWindows+Docker環境を前提にしたほか,リファレンスゲノムを用いない解析やメタ解析をさらに充実.

「サンプルXにはどんな種類の細胞が含まれる?」
「サンプルYとサンプルZの違いを規定する遺伝子はなに?」
といった医学・生命科学研究でよく出会うquestionにこれからRNA-Seqでアプローチする方にも,解析法をアップデートしたい方にも,三ツ星おすすめの"超"鉄板レシピが満載です.

著者から更新情報が届く「Annual Updateサービス(※)」も付録しています.
※ 出版1年後を初回として,以降1年ごとに1回,計3回(3年間)の更新を予定

Chapter 1 まずはこれだけ! 解析環境を整える
Chapter 2 データを入手する
Chapter 3 転写産物の発現を定量する
Chapter 4 リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う
Chapter 5 発現変動遺伝子群を検出する
Chapter 6 サンプル間で発現変動した遺伝子群の機能を推定する
Chapter 7 サンプル間の類似度を比較する
Chapter 8 公共データから興味あるデータを抽出,発現変動遺伝子群を検出する(メタ解析)
Chapter 9 リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う
Chapter 10 論文投稿に必須!データを登録・公開する
【目次】
Chapter 1 まずはこれだけ! 解析環境を整える

Chapter 2 データを入手する
(1)RNA-Seq の注意点〜外注時のリード数,小分子・長分子での違いなど
(コラム)RNA-Seq vs マイクロアレイ
(2)公共データの利用〜SRAからのデータ取得

Chapter 3 転写産物の発現を定量する
(1)リファレンスゲノムにマッピングする方法1〜HISAT2 + StringTie
(2)リファレンスゲノムにマッピングする方法2〜STAR + RSEM
(3)リファレンスゲノムにマッピングしない方法〜salmon,kallisto,tximport
(コラム)RNA-Seq 定量にまつわるFAQ
(4)転写開始点を解析する方法〜CAGE
(コラム)各種ツールの実行時間比較

Chapter 4 リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う〜アセンブリからアノテーションまで
(コラム)非モデル生物における機能アノテーション

Chapter 5 発現変動遺伝子群を検出する

Chapter 6 サンプル間で発現変動した遺伝子群の機能を推定する〜エンリッチメント解析
(コラム)シングルセルクラスターの生物学的意義をGUIで解釈する〜QIAGEN Ingenuity Pathways Analysis
(コラム)アノテーション情報とID変換〜Gene Ontology,BioMart,Spotfire

Chapter 7 サンプル間の類似度を比較する
(1)階層クラスタリング
(2)主成分分析(PCA)
(コラム)バルク解析とシングルセル解析

Chapter 8 公共データから興味あるデータを抽出,発現変動遺伝子群を検出する(メタ解析)
(1)ikraを使ったヒトやマウスのRNA-Seqデータメタ解析
(2)非モデル生物の生物種間比較によるトランスクリプトームのメタ解析
(コラム)ビブリオームを活用したマルチオミックス解析

Chapter 9 リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う〜iDEP - ノーコードでRNA-Seq下流解析
(コラム)RNA-Seqでのリード数はどれぐらい?

Chapter 10 論文投稿に必須!データを登録・公開する〜DRA,DDBJ,GEA

商品レビュー

ブックスのレビュー

まだレビューがありません。 レビューを書く

楽天ブックスランキング情報

  • 週間ランキング

    ランキング情報がありません。

  • 日別ランキング

    ランキング情報がありません。

在庫あり

残りあと6

個数 

お気に入り新着通知

追加済み:
未追加:

追加/削除

お気に入り新着通知

[ 著者 ]

最近チェックした商品

    ※表示を削除したい場合は閲覧履歴のページから削除お願いいたします

    ランキング:科学・技術

    ※1時間ごとに更新

    1. 1
      社会人の雑談術 訓練はいらない!すぐに使えるコミュニケーション力の教科書。
      電子書籍社会人の雑談術 訓練はいらない!すぐに…

      通道小平

      298円(税込)

    2. 2
      改訂版 金持ち父さん貧乏父さん ーーアメリカの金持ちが教えてくれるお金の哲学
      電子書籍改訂版 金持ち父さん貧乏父さん ーーア…

      ロバート・キヨサキ

      1,650円(税込)

    3. 3
      人体最強の臓器 皮膚のふしぎ 最新科学でわかった万能性
      電子書籍人体最強の臓器 皮膚のふしぎ 最新科学…

      椛島健治

      1,320円(税込)

    4. 4
      生成AIパスポート公式テキスト 第3版
      電子書籍生成AIパスポート公式テキスト 第3版

      一般社団法人生成AI活用普及協会

      1,782円(税込)

    5. 5
      人は聞き方が9割
      電子書籍人は聞き方が9割

      永松茂久

      1,650円(税込)

    購入データ自動連携!楽天ブックス公式 無料 読書管理パプリ Readee

    このページの先頭へ