2009年に公開された人気アニメ『名探偵コナン』の劇場公開作第13弾。東京、神奈川、静岡、長野の各都県をまたがる広域連続殺人事件の捜査に乗り出したコナンと、宿命のライバル“黒ずくめの組織”の戦いを描く。

【ストーリー】
梅雨明けの頃、東京近県を中心に6件の殺人事件が発生した。被害者のそばにいつも、謎のマージャン牌が残されていたことから、同一犯人もしくは組織による広域連続殺人事件に指定される。松本警視の号令の下、早速、目黒警部ほか各県管轄の刑事たちが集合して捜査会議が開かれ、探偵・小五郎も協力することになる。集められた謎に悩まされたまま一旦会議は終了するが、その時、コナンは、会議から出てきた一人の刑事が黒いポルシェに乗り込むところを発見する。「あの車は…。まさか、ジンだ!」捜査線上に浮かんだ「黒づくめ」の影。「工藤新一」の名前を知る男、コードネームはアイリッシュ。組織の影が自分に近づきつつあることをコナンが知った時7人目の犠牲者が出た。始末したはずの高校生探偵・工藤新一が、江戸川コナンに姿を変えていることをジンが知れば、コナンだけでなく灰原や阿笠博士、蘭…仲間を残らず抹殺するだろう。しかし、まだジンは知らない。だから、この事件をきっかけに組織を一網打尽にできるかもしれない。あまりに危険であることを覚悟して、コナンは独り捜査を開始する。黒づくめVS江戸川コナン、避けることのできない、宿命のバトル・ミステリーが今、始まる!