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【ストーリー】
謎の武装集団により、国立微生物研究所から恐るべき細菌が強奪された。犯行声明文により財閥ばかりを狙うテロリスト「赤いシャムネコ」の仕業であることが判明。7日後、再び現れることを予告した。その一方、鈴木財閥の相談役・鈴木次郎吉は、ついに世界最大の飛行船『ベル・ツリー1世号』を完成させた。ライバル視している怪盗キッドを捕まえるために仕掛けられた一大プロジェクトだ。「7日後、東京を出発して大阪へ向かう『ベル・ツリー1世号』から、ビッグジュエル『天空の貴婦人』を盗みだしてみよ。」次郎吉の挑戦に対してキッドは、大胆にも「大阪上空に到達してから盗み出す」ことを告知する。大空を舞台にしたこの対決に世間は大注目!飛行船には中森警部や、次郎吉に招待された小五郎、蘭、コナン達少年探偵団だけでなく独占取材陣も乗り込んだ。キッドが現れる大阪上空まで約6時間。トロピカルランドを飛び立ち、東京湾を抜けて太平洋上空を進む『ベル・ツリー1世号』に突如大型ヘリが接近!侵入した武装グループ「赤いシャムネコ」により、飛行船はあっという間にハイジャックされてしまう。飛行船を占拠した「赤いシャムネコ」は、船内のいたるところに爆弾を仕掛けた上に細菌をばら撒いた!ヘリウムで空を飛ぶ飛行船がいかに安全な乗り物とはいえ、爆発すれば乗務員全員の命はない。その上、飛行船の到着地である大阪上空で細菌が飛散すれば関西圏1000万人の命が脅かされることになる!日本中を巻き込む劇場型ハイジャック事件!関西圏一帯は大パニック!!次々と細菌に感染してしまう乗員たち…。果たして、「赤いシャムネコ」の目的は一体何なのか?飛行船の中を「探検」していたのでテロリストに見つからずに済んだコナンは、少年探偵団の協力を得て一つずつ爆弾を解除、テロリストへの反撃を開始する!一方、偶然から、唯一キッドが船内にいることを知った蘭。「キッドの正体って新一なの?調査で忙しいというのは、泥棒しているからなの?」キッドの思わぬ言動に悩まされている蘭にも、ついに細菌が感染してしまう!