ＵＳＮＡの最強魔法師部隊『スターズ』総隊長、アンジー・シリウス少佐こと、魔法科高校交換留学生・リーナ。彼女の訪日と同時期に発生した『吸血鬼（パラサイト）』事件は、彼らによる魔法科高校の襲撃、達也によるその撃退という結末で幕を閉じた。　しかし『パラサイト』本体は『宿主』から抜け出しこの世界を漂い続け、そして次の宿主を見つけ出した。　ヒューマノイド型ホームペルパーロボット。　付近にいた光井ほのかのパターンをコピーしたパラサイト＝ピクシーは、その生まれから、達也に付き従うことを決める。　ピクシーからの情報により、『パラサイト』をより深く理解した達也は、深雪らを連れ、残りの『パラサイト』を退治すべく、夜の青山霊園へと赴く。しかしその行動は、さらなる暗躍勢力をあぶり出す結果となりーー。　『最強の魔法師』と別次元からの『来訪者』を巡る激突は、魔法科高校を舞台に最終決戦を迎える！